nginx.conf

# нужно прописать в конфиге nginx:
# - использование сертификатов из папки /var/cache/acme
# - папку /var/cache/acme/challenges доступной на порту 80

server {
  listen 80;
  server_name ....;

  # запросы acme-challenge
  location ~ ^/\.well-known/acme-challenge/([a-zA-Z0-9_-]*)$ {
      default_type "text/plain";
      alias /var/cache/acme/challenges/$1;
  }
  
  # остальные запросы отправляем на HTTPS
  location / {
    return 301 https://$server_name$request_uri;
  }
}

server {
  listen 443 ssl;
  server_name ....;

  ssl_certificate     /var/cache/acme/site.crt;
  ssl_certificate_key /var/cache/acme/site.key;

  ....
}